Em documentos assinados pelo próprio Patriarca Fundador da Igreja Gnóstica Cristã Universal, Samael Aun Weor, estes são os objetivos e os princípios da Igreja Gnóstica:

1. Trabalhar pela dignificação do ser humano e pela revalorização dos princípios espirituais.

2. Fundamentar a divulgação do cristianismo antigo em sua forma gnóstica primogênita para o bem das almas.

3. Ensinar uma doutrina transcendental capaz de equilibrar de forma consciente o pensamento, o sentimento e a ação.

4. Dar a conhecer à humanidade o Cristo Íntimo.

5. Estabelecer de forma legal a Igreja Gnóstica para benefício próprio e de todos aqueles que vieram a participar de suas atividades religiosas.

6. Não interferir em assuntos políticos e governamentais dos países em que estiver instalada e colaborar na formação de cidadãos úteis à sociedade, à nação e a Deus.

7. Cultivar o respeito a todas as religiões, seitas, escolas e ordens espirituais.

8. Ensinar a tolerância religiosa para a convivência pacífica dos seres humanos, sem distinção de sexo, credo, raça, nacionalidade ou religião.

9. Trabalhar pela paz, pela fraternidade universal e pela integração dos seres humanos.